Paweł Domański
246 lines
16 KiB
Markdown
246 lines
16 KiB
Markdown
---
|
||
title: "Akademicki przepływ pracy: Zotero i Obsidian"
|
||
source: "https://medium.com/@alexandraphelan/an-academic-workflow-zotero-obsidian-56bf918d51ab"
|
||
author:
|
||
- "[[Alexandra Phelan]]"
|
||
published: 2022-04-10
|
||
created: 2026-08-07
|
||
description: "More"
|
||
tags:
|
||
- "clippings"
|
||
---
|
||
|
||
|
||
Moja baza danych Obsidian w widoku grafu, pokazująca dwukierunkowe powiązania między notatkami i kluczowymi węzłami popularnych tagów.
|
||
|
||
*Uwaga: Zaktualizowana wersja tego workflow jest* [*dostępna tutaj.*](https://medium.com/@alexandraphelan/an-updated-academic-workflow-zotero-obsidian-cffef080addd)
|
||
|
||
Jako naukowiec, mój codzienny workflow polega na zbieraniu materiałów, ich czytaniu i komentowaniu, tworzeniu notatek, pisaniu rękopisów oraz cytowaniu źródeł. Ta lista nie odzwierciedla różnic intensywności i wysiłku pomiędzy tymi etapami. Coraz częściej "tworzenie notatek" staje się centralną częścią mojego workflow: to miejsce, gdzie syntetyzuję to, co przeczytałem, łączę koncepcje, zdobywam i rozwijam pomysły oraz kończę pierwszy szkic na atomową część szerszego tematu. Podobnie pisanie rękopisu to ogromny wyzwanie, ale jest łatwiej, gdy mam już przygotowane mniejsze, już zsyntetyzowane i przygotowane notatki (dla tych, którzy znają [system Zettelkasten](https://zettelkasten.de/posts/overview/), będzie to już znajome). Znacznie łatwiej mi też pisać w edytorze Markdown niż w Wordzie, Scrivenerze czy Google Docs – każdy z własną powolnością i rozpraszającym formatowaniem.
|
||
|
||
### Zotero: zbieranie zasobów, ich adnotowanie, cytowanie źródeł
|
||
|
||
W większości moich etapów pracy akademickiej [Zotero](https://www.zotero.org/) radzi sobie znakomicie. Używam mojej biblioteki jako bazy danych, która przechowuje prawie 15 lat moich badań. Dodaję zasoby do mojej biblioteki za pomocą konektorów przeglądarkowych dołączonych do Zotero lub ręcznie, co oznacza, że wszystkie metadane dotyczące zasobu (autor, tytuł, typ, nazwa czasopisma, data itd.) są rejestrowane. Każdy wpis w mojej bazie danych jest również powiązany z PDF-em książki lub artykułu, gdzie mogę czytać, zaznaczać i dodawać notatki. Wtedy, gdy piszę manuskrypt, mogę łatwo wstawić cytowania w dowolnym stylu cytowania, jaki wymaga odpowiednie czasopismo lub redaktor. Jako osoba pracująca w różnych dziedzinach prawa i nauk ścisłych, możliwość przełączania się między APA, Bluebook lub Nature za pomocą przycisku jest kluczowa. Chociaż używam [Jurism](https://juris-m.github.io/) — forku Zotero lepiej zaprojektowanego do obsługi prawa lub źródeł międzynarodowych — najnowsza aktualizacja Zotero do Zotero 6 skłoniła mnie do przekalkulowania mojego workflow. I choć na razie będę dalej korzystać z Jurism, poniższy workflow powinien być pomocny dla osób korzystających z Zotero 6 i Obsidian.
|
||
|
||
### Obsydian: tworzenie notatek, pisanie rękopisów
|
||
|
||
Zbieranie zasobów i nic z nimi nie robienia to strata czasu. Nieefektywne jest zbieranie ich, a potem wracanie do takiej bazy tylko po to, by przywołać jakieś źródło, *jeśli* pamiętasz. Dla mnie synteza moich lektur i adnotacji w nowe notatki, które pomagają mi tworzyć manuskrypty, jest najważniejszą częścią mojego workflow. Mógłbym użyć dowolnego edytora tekstu do zbierania tych notatek, albo nawet funkcji notatek w samym Zotero. Ale chcę budować i łączyć swoje pomysły. Nigdy nie pracowałem w ścisłych dyscyplinarnych silosach, więc mój proces pisania też nigdy nie działał. Aby naprawdę to wykorzystać, prosty edytor tekstu, potencjalnie z jednokierunkowymi powiązaniami między tematami, nie wystarczy. Potrzebuję [dwukierunkowego łączenia](https://maggieappleton.com/bidirectionals) i radości z pluralizmu. I tu wkracza [Obsidian](https://obsidian.md/). Obsidian to edytor do przeceniania cen, oferujący środowisko pisania wolne od rozpraszaczy. Ale Obsidian oferuje coś więcej niż tylko edytor tekstu i umożliwia dwukierunkowe powiązania, by tworzyć relacje między ideami.
|
||
|
||
|
||
|
||
## I. Ustawienie Zotero
|
||
|
||
Istnieje wiele wtyczek do Zotero, ale polecam zainstalować:
|
||
|
||
- [**Zotfile**](http://zotfile.com/) do zarządzania PDF-ami. Chociaż Zotero 6 umożliwia adnotacje w aplikacji i przechowywanie plików pdf w pamięci Zotero, ja używam zotfile, aby automatycznie przemianować pliki pdf na spójny format (np. author\_date\_title) i przenosić je do określonego folderu z załącznikami, który nie znajduje się w pamięci Zotero. Dzięki temu mogę przechowywać wszystkie adnotacje osobno w Zotero i mieć do nich dostęp przez eksplorator plików (w tym na tablecie, gdzie używam ulubionego czytnika PDF). Jeśli jesteś zadowolony z pozostania w ekosystemie Zotero, może to nie być konieczne.
|
||
- [**Betterbibtex**](https://retorque.re/zotero-better-bibtex/) do tworzenia citekeys. Betterbibtex robi wiele, ale głównie używam go do automatycznego tworzenia spójnych kluczy cytologicznych [pandoc](https://pandoc.org/) (author\_date, np. Carter\_2022), których mogę używać podczas pisania manuskryptów w Obsidianie. Jeśli nie planujesz używać Obsidian do pisania i cytowania, może to nie być konieczne.
|
||
|
||
|
||
Moja baza danych Zotero, zawierająca artykuły naukowe, książki, rozdziały, raporty oraz źródła pierwotne, takie jak międzynarodowe i krajowe sprawy sądowe, ustawy i traktaty.
|
||
|
||
## II. Obsidian Setup
|
||
|
||
Druga część workflow opiera się na kilku wtyczkach społecznościowych Obsidian. [**Obsidian Zotero Desktop Connector**](https://github.com/mgmeyers/obsidian-zotero-desktop-connector) to jedyny niezbędny do tworzenia notatek literackich. Jednak strona sumacji wymaga [**dataview**](https://github.com/blacksmithgu/obsidian-dataview), a eksport manuskryptów napisanych w Obsidian z citekeys do docx wymaga wtyczki [**pandoc**](https://github.com/OliverBalfour/obsidian-pandoc). W Obsidian (v0.14) włączono już wywołania. Używam wtyczki [**adomitions**](https://github.com/valentine195/obsidian-admonition) do tworzenia spersonalizowanych wywołań.
|
||
|
||
Notatki literackie to w zasadzie jedna notatka dla każdego źródła, zawierająca pełne metadane, link do Zotero oraz adnotacje i notatki wyodrębnione z pliku PDF przechowywanego w Zotero.
|
||
|
||
**Zotero Desktop Connector for Literature Notes
|
||
**Do uzyskania struktury notatki literackiej potrzebne są dwa główne szablony — nagłówek i adnotacje. Kod markdown dla każdego z nich przedstawiono poniżej. Są one zapisywane jako pliki Markdown w skarbcu.
|
||
|
||
- **Nagłówek notatki literackiej**
|
||
|
||
|
||
Ten szablon – "infoheader" – stanowi ramy formatowania dla moich notatek literackich. Lubię mieć pełne cytowanie na górze, żeby w razie potrzeby skopiować i wkleić. Lubię też od razu syntetyzować kluczowy wkład tego utworu w literaturę. Szablon wyodrębnia metadane z Zotero, w tym używając funkcji "jeśli" nunjucka do wypełniania szczegółów konkretnych zasobów. Po imporcie ręcznie zmieniam pierwszego autora z **Autor**::na **Pierwszy Autor**:: aby uprościć długie listy autorów w mojej tabeli podsumowań (poniżej).
|
||
|
||
```c
|
||
> [!Cite]
|
||
> {{bibliography}}>[!Synth]
|
||
>**Contribution**::>[!md]
|
||
> {%- for creator in creators %} {%- if creator.name == null %} **{{creator.creatorType | capitalize}}**:: {{creator.lastName}}, {{creator.firstName}}{%- endif -%}<br>
|
||
> {%- if creator.name %}**{{creator.creatorType | capitalize}}**:: {{creator.name}}{%- endif -%}{%- endfor %}
|
||
> **Title**:: {{title}}
|
||
> **Year**:: {{date | format("YYYY")}}
|
||
> **Citekey**:: @{{citekey}}
|
||
> {%- if itemType %}**itemType**:: {{itemType}}{%- endif %}
|
||
> {%- if itemType == "journalArticle" %}**Journal**:: *{{publicationTitle}}* {%- endif %}
|
||
> {%- if volume %}**Volume**:: {{volume}} {%- endif %}
|
||
> {%- if issue %}**Issue**:: {{issue}} {%- endif %}
|
||
> {%- if itemType == "bookSection" %}**Book**:: {{publicationTitle}} {%- endif %}
|
||
> {%- if publisher %}**Publisher**:: {{publisher}} {%- endif %}
|
||
> {%- if place %}**Location**:: {{place}} {%- endif %}
|
||
> {%- if pages %} **Pages**:: {{pages}} {%- endif %}
|
||
> {%- if DOI %}**DOI**:: {{DOI}} {%- endif %}
|
||
> {%- if ISBN %}**ISBN**:: {{ISBN}} {%- endif %}> [!LINK]
|
||
> {%- for attachment in attachments | filterby("path", "endswith", ".pdf") %}
|
||
> [{{attachment.title}}](file://{{attachment.path | replace(" ", "%20")}}) {%- endfor -%}.> [!Abstract]
|
||
> {%- if abstractNote %}
|
||
> {{abstractNote}}
|
||
> {%- endif -%}{%- set important = annotations | filterby("comment", "startswith", "important") -%}
|
||
{%- if important.length > 0 %}> [!important] Callouts
|
||
{%- for annotation in important -%}
|
||
{%- if annotation.annotatedText %}
|
||
> - {{annotation.annotatedText | nl2br}}
|
||
{%- endif -%}
|
||
{%- if annotation.imageRelativePath %}
|
||
> - ![[{{annotation.imageRelativePath}}]]
|
||
{%- endif %}
|
||
> [page {{annotation.page}}](file://{{annotation.attachment.path | replace(" ", "%20")}})
|
||
{%- endfor -%}
|
||
{%- endif %}
|
||
{%- if annotations.length %}## Annotations
|
||
{%- endif %}
|
||
```
|
||
- **Adnotacje**
|
||
|
||
|
||
Ten szablon adnotacji – "annots" – robi kilka funkcji. Po pierwsze, określa osobne formatowanie kolorów jasności. To dla mnie przydatne, ponieważ używam różnych kolorów podkreślania, by przekazać różne rzeczy:
|
||
\- 🟡 ciekawy punkt
|
||
\- 🟢 literatura do czytania
|
||
\- 🔵 kluczowe wnioski/ *ratio decdendi
|
||
*\- 🟣 krytyka autora wobec innej literatury *\-* 🔴 nie zgadzam się z autorem
|
||
\- 🟠️ podkreślanie
|
||
po pierwszej iteracji
|
||
|
||
Szablon również wyodrębnia notatki pisemne jako notatki. Tutaj możesz też ustawić style podkreśleń, przekreśleń itp., ale ja ich nie używam, więc uprościłem szablon.
|
||
|
||
Reszta szablonu pozwala następnie na dodawanie kolejnych adnotacji do notatki literackiej bez usuwania zmian czy edycji dokonanych po imporcie.
|
||
|
||
```c
|
||
{%- macro calloutHeader(type, color) -%}
|
||
{%- if type == "highlight" -%}
|
||
<mark style="background-color: {{color}}">Highlight</mark>
|
||
{%- endif -%}{%- if type == "text" -%}
|
||
Note
|
||
{%- endif -%}
|
||
{%- endmacro -%}{%- set annots = annotations | filterby("date", "dateafter", lastExportDate) -%}
|
||
{%- if annots.length > 0 %}
|
||
### Exported: {{exportDate | format("YYYY-MM-DD h:mm a")}}{% for annot in annots -%}
|
||
> {{calloutHeader(annot.type, annot.color)}}
|
||
{%- if annot.annotatedText %}
|
||
> {{annot.annotatedText | nl2br}}
|
||
{%- endif -%}
|
||
{%- if annot.imageRelativePath %}
|
||
> ![[{{annot.imageRelativePath}}]]
|
||
{%- endif %}
|
||
> [page {{annot.page}}](file://{{annot.attachment.path | replace(" ", "%20")}}) [[{{annot.date | format("YYYY-MM-DD#h:mm a")}}]]
|
||
{%- if annot.comment %}
|
||
> - {{annot.comment | nl2br}}
|
||
{% endif %}{% endfor -%}
|
||
{% endif -%}
|
||
```
|
||
|
||
## III. Tworzenie notatek literackich
|
||
|
||
Po skonfigurowaniu plików Nagłówka i Adnotacji aktywuj wybór poleceń Obsidian (cmd-p na mac) i wybierz "Zotero Desktop Connector: Create Literature Note". Ustawiłem to na skrót klawiszowy, który uruchamia się od razu.
|
||
|
||
|
||
|
||
Powinno pojawić się pytanie Zotero, a ty możesz wpisać swoje źródło, dla którego tworzysz Notatkę Literacką.
|
||
|
||
|
||
|
||
Po wybraniu ZDC uruchamia się i w jednym Literature Note wyświetla nagłówek oraz adnotacje:
|
||
|
||
|
||
|
||
|
||
|
||
Pierwsze dwa odniesienia zostały ręcznie edytowane w ramach procesu syntezy.
|
||
|
||
Możesz wtedy edytować dokument, a jego zmiany zostaną zachowane. Jeśli następnie dodasz więcej notatek i adnotacji w odpowiednim PDF, zostaną one dodane osobno podczas ponownego uruchomienia "Zotero Desktop Connector: Create Literature Note". Jeśli przeniesiesz Literature Note z folderu wyjściowego, nie zaktualizuje to pliku przeniesionego, lecz utworzy nową notatkę w oryginalnym folderze wyjściowym. Polecam więc trzymać jeden folder z wyjściem Literature Notes i nie przenosić plików.
|
||
|
||
**Podsumowanie notatek literackich**
|
||
|
||
W nowej notatce Obsidian dataview może być użyty do stworzenia zbioru wszystkich notatek literackich:
|
||
|
||
```c
|
||
\`\`\`dataview
|
||
tabletitle as Title,
|
||
FirstAuthor as "First Author",
|
||
Year as Year,
|
||
itemType as Item,
|
||
Citekey as Citekey,
|
||
Contribution as Contribution
|
||
FROM "[insert Literature Notes folder here]"\`\`\`
|
||
```
|
||
|
||
co skutkuje:
|
||
|
||
|
||
|
||
## IV. Pisanie rękopisów
|
||
|
||
Pisanie w Obsidian jest zasadniczo takie samo w każdym innym edytorze tekstu, z tą różnicą, że formatowanie odbywa się za pomocą [markdown](https://help.obsidian.md/How+to/Format+your+notes):
|
||
|
||
|
||
|
||
Do dodawania cytowań można używać Zotero Desktop Connector. Najpierw musisz ustalić preferowane style cytowania. Upewnij się, że masz zainstalowany wybrany styl (CSL) w Zotero (Preferencje > Cytowanie > Styles). To wstawi ukończone cytowanie w preferowanym formacie.
|
||
|
||
Alternatywnie możesz też ustawić cytowania Pandoc, które pozwalają łatwo zmieniać formaty według potrzeb (na przykład, jeśli wysyłasz do różnych czasopism).
|
||
|
||
|
||
|
||
### Dodawanie cytowań
|
||
|
||
Użyj wiersza poleceń Obsidian, aby wybrać styl cytowania, dla którego chcesz wstawić cytat. Możesz ustawić skróty klawiszowe, które od razu przechodzą do preferowanego stylu.
|
||
|
||
|
||
|
||
Następnie możesz wybrać odpowiednie cytowanie w Zotero...
|
||
|
||
|
||
|
||
a wybrany cytowanie jest wstawiane do dokumentu. Tutaj użyłem cytowania pandoka:
|
||
|
||
|
||
|
||
### Przejście z markdown do docx i cytowania procesów
|
||
|
||
**Ustawienie pandoc do odczytu Twojej biblioteki** Zotero Po dodaniu cytowań możesz je przetwarzać za pomocą wtyczki pandoc. Pierwszym krokiem jest wyeksportowanie biblioteki Zotero jako pliku.bib, a następnie wskazanie wtyczki pandoc na ten plik. Możesz to zrobić za pomocą YAML frontmatter:
|
||
|
||
```c
|
||
---
|
||
bibliography: ~/yourpath/My library.bib
|
||
---
|
||
```
|
||
|
||
lub ustaw ją na stałe w wtyczce pandoc, dodając ją do pola Dodatkowe argumenty Pandoc:
|
||
|
||
```c
|
||
--metadata bibliography=~/yourpath/My Library.bib
|
||
```
|
||
|
||
**Ustawienie pandoca do przetwarzania cytowania w preferowanym stylu**
|
||
|
||
Domyślne cytowanie pandoc to Chicago (data autorstwa).
|
||
|
||
Jeśli chcesz zmienić styl cytowania lub dodatkową bibliotekę Zotero, możesz ustawić CSL w metadanych YAML lub w ustawieniach wtyczki pandoc:
|
||
|
||
```c
|
||
---
|
||
csl: ~/yourpath/style.csl
|
||
---
|
||
```
|
||
|
||
lub ustaw to na stałe w ustawieniach wtyczki Pandoc, dodając do pola Dodatkowe argumenty Pandoca:
|
||
|
||
```c
|
||
--metadata csl=~/yourpath/style.csl
|
||
```
|
||
|
||
**Eksport do docx**
|
||
|
||
Wystarczy otworzyć paletę poleceń i wybrać wtyczkę pandoc: eksport jako dokument Word (docx). Będzie eksportowany do tego samego folderu co plik md lub do określonego folderu eksportu udostępnionego w ustawieniach wtyczki pandoc obsidian.
|
||
|
||
|
||
|
||
Alternatywnie, jeśli masz Maca, możesz użyć Terminala do wszystkich powyższych czynności. Instrukcje montażu [tutaj](https://pandoc.org/installing.html).
|
||
|
||
```c
|
||
pandoc "path/to/input.md" -o "path/to/output.docx" --citeproc --bibliography "path/to/library.bib" --csl "path/to/citation_style.csl"
|
||
```
|
||
|
||
### Przyszłość
|
||
|
||
Gdy już poznasz procesy i konfigurację, proces przebiega niesamowicie sprawnie. To stroma krzywa nauki, jeśli masz ograniczone doświadczenie lub komfort programowania, ale jest to dość przyjazne dla użytkownika podejście do opracowania pełnego akademickiego workflow badawczego i cytowania.
|
||
|
||
**Dzięki** Discordowi Obsidian, zwłaszcza [Mathew Meyersowi](https://github.com/mgmeyers), [Chrisowi Grieserowi](https://github.com/chrisgrieser), [Eleanor Konik](https://www.eleanorkonik.com/), [Leah Ferguson](https://notes.leahferguson.com/Home). |