--- title: "Zaktualizowany akademicki workflow: Zotero i Obsidian" source: "https://medium.com/@alexandraphelan/an-updated-academic-workflow-zotero-obsidian-cffef080addd" author: - "[[Alexandra Phelan]]" published: 2023-08-21 created: 2026-08-07 description: "Najważniejsze wydarzenie" tags: - "clippings" --- Sierpień 2023 ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*z4erm4ShPpbDhYS7WDRWbw.png) Moja baza danych Obsidian w widoku grafu (stan na sierpień 2023), pokazująca dwukierunkowe powiązania między notatkami i kluczowymi węzłami popularnych tagów. W zeszłym roku napisałem wpis ["An Academic Workflow: Zotero & Obsidian](https://medium.com/@alexandraphelan/an-academic-workflow-zotero-obsidian-56bf918d51ab) ", w którym opisuję, jak wykorzystuję oba programy jako część mojej pracy naukowej do prowadzenia badań i pisania publikacji. Stał się dość popularny, ale dzięki znaczącym aktualizacjom Obsidian, Zotero i kilku wtyczkom jest już nieaktualny. Poniższy wpis aktualizuje oryginał i zawiera więcej szczegółów na temat tego, jak obecnie działa mój workflow na sierpień 2023 roku. Moja codzienna praca jako akademika wymaga ode mnie zbierania, czytania i komentowania materiałów, tworzenia notatek, pisania rękopisów (indywidualnie i wspólnie) oraz cytowania źródeł. Po roku nadal uważam, że pisanie pierwszych szkiców w edytorze mardown jest znacznie łatwiejsze i bardziej stabilne niż w innych popularnych programach do edycji tekstu, ze względu na ich skłonność do ociężałości, rozpraszającego formatowania i oddzielenia od miejsca, gdzie trzymam wszystkie notatki. Markdown ma także dodatkową zaletę w postaci trwałego i ustandaryzowanego formatu pliku. Niedawno straciłem dostęp do całego zestawu notatek ze szkoły prawniczej, ponieważ były one w wspólnym, ale specyficznym dla programu formacie, który został później zaktualizowany, co naprawdę uświadomiło mi znaczenie zabezpieczenia na przyszłość. Ten akademicki workflow wykorzystuje dwa programy: [**Zotero**](https://www.zotero.org/) i [**Obsidian**](https://obsidian.md/). ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*B08ORIPGPYHF9qmWQwNFsg.png) Ikony programów Zotero i Obsidian ## Zotero: zbieranie zasobów, tworzenie adnotacji i cytowań Teraz w wersji 6 [Zotero](https://www.zotero.org/) jest doskonałym narzędziem dla badaczy. Moja biblioteka Zotero to baza danych, która przechowuje 15 lat moich badań. Dodaję zasoby do mojej biblioteki, korzystając z konektorów do przeglądarek, które są dołączone do Zotero lub ręcznie. Oznacza to, że wszystkie metadane dla zasobu (autor, tytuł, typ, nazwa czasopisma, data itd.) są wpisywane do bazy danych. Każdy wpis w mojej bazie danych jest również powiązany z PDF-em książki lub artykułu, który od Zotero 6 można czytać i komentować (dodawać wyróżnienia i notatki) w aplikacji. Kiedy piszę manuskrypt, mogę łatwo wstawić cytowania w dowolnym stylu cytowania, jaki wymaga odpowiednie czasopismo lub redaktor. Jako osoba pracująca w różnych dziedzinach prawa i nauk ścisłych, możliwość przełączania się między APA, Bluebook lub Nature za pomocą przycisku jest kluczowa. ## Obsydian: tworzenie notatek, pisanie rękopisów Na początku procesu badawczego łatwo wpaść w pułapkę zbierania zasobów, ale nic z nimi nie robić. Synteza moich lektur i adnotacji w nowe notatki, które pomagają mi tworzyć rękopisy, jest kluczową częścią generowania pomysłów i pisania prac. Chociaż możesz zaznaczać PDF lub używać notatki w notesie czy edytorze tekstu podczas czytania, ja chcę się połączyć i rozwijać moje pomysły. Nigdy nie pracowałem w ścisłych dyscyplinarnych silosach, więc mój proces pisania też nigdy nie działał. Mimo miłości do artykułów papierniczych, wolę trzymać notatki cyfrowe, a prosty edytor tekstu, nawet z jednokierunkowymi połączeniami między tematami, nie wystarcza do mojej pracy. Wolę [dwukierunkowe łączenie](https://maggieappleton.com/bidirectionals) i cieszę się pluralizmem. I tu wkracza [Obsidian](https://obsidian.md/). Obsidian to edytor do przeceniania cen, oferujący środowisko pisania wolne od rozpraszaczy. Ale Obsidian oferuje coś więcej niż tylko edytor tekstu i umożliwia dwukierunkowe powiązania, by tworzyć relacje między ideami. Odkąd regularnie korzystam z Obsidian do pisania, przekształcił się on także w narzędzie do zarządzania projektami i śledzenia statusu publikacji. ## I. Ustawienie Zotero Zotero 6 uprościł mój workflow. Istnieje wiele wtyczek do Zotero, ale polecam zainstalować: - [**betterbibtex**](https://retorque.re/zotero-better-bibtex/) do tworzenia biblioteki cytowań i citekeys. Betterbibtex robi wiele, ale głównie używam go do automatycznego tworzenia pliku, który można wykorzystać do cytowań i spójnych kluczy cytowań [pandoc](https://pandoc.org/) (author\_date, np. Carter\_2022), których mogę używać podczas pisania manuskryptów w Obsidian (więcej o tym później). *Dla tych, którzy kontynuują zeszłoroczny post, nadal używam* [***zotfile***](http://zotfile.com/) *do automatycznego przemianowania plików pdf na spójny format (np. author\_date\_title), ale nie przenoszę już załączników do osobnego folderu. Dzieje się tak, ponieważ Zotero na iOS nie otwiera powiązanych plików zapisanych w osobnym miejscu. Chociaż nadal można otwierać takie pliki w dowolnym czytniku PDF, ten wybór tylko uprościł mój workflow. Jednak używanie zotfile do przenoszenia załączników jest możliwe, jeśli biblioteka jest duża i nie chcesz płacić za przechowywanie w Zotero.* ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/0*yRAPt99dHz_9xZYs.jpeg) Moja baza danych Zotero, zawierająca artykuły naukowe, książki, rozdziały, raporty oraz źródła pierwotne, takie jak międzynarodowe i krajowe sprawy sądowe, ustawy i traktaty. ## II. Obsidian Setup Druga część workflow opiera się na kilku wtyczkach społecznościowych Obsidian. Możesz je zainstalować w ustawieniach wtyczek społecznościowych. W moim workflow są dwie kluczowe wtyczki: - [**Integracja z Zotero**](https://github.com/mgmeyers/obsidian-zotero-integration) (dawniej **znana** jako Obsidian Zotero Desktop Connector) jest niezbędna dla tego workflow. Ta wtyczka pozwala importować cytowania, bibliografie i adnotacje PDF z Zotero do Obsidian, a także ułatwia tworzenie Notatek Literackich. - [**Pandoc Reference List**](https://github.com/mgmeyers/obsidian-pandoc-reference-list) tworzy panel w pasku bocznym Obsidian, który wyświetla sformatowane odniesienie dla każdego klucza cytowania pandoca w otwartym dokumencie. ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*zMig5i6Tpymm9TNiyY8agw.png) Przykład zrzutu ekranu wtyczek Obsidian: Zotero Integration i Pandoc Reference List. Trzy dodatkowe wtyczki dodają dodatkowe funkcje: - [**Dataview**](https://github.com/blacksmithgu/obsidian-dataview) to w pewnym sensie niezbędna wtyczka Obsidian do wyszukiwania i wyświetlania danych. W moim workflow używam go do tworzenia stron podsumowujących. - Jeśli zamierzasz eksportować rękopisy napisane w Obsidian za pomocą citekeys do innych edytorów tekstu (np. w formacie docx), będziesz potrzebować wtyczki [**pandoc**](https://github.com/OliverBalfour/obsidian-pandoc). - Chociaż Obsidian pozwala na różne pola "call out", nadal używam wtyczki [**adomitions**](https://github.com/valentine195/obsidian-admonition) do tworzenia spersonalizowanych kolorów i tytułów moich wywołań w moich notatkach literackich. *(*[*Przydatny film na YouTube*](https://www.youtube.com/watch?v=TqYQ0kA1yAo) *z upomnieniami i upomnieniami)* ## III. Notatki literackie Notatki Literackie to w zasadzie jedna notatka dla każdego źródła, zawierająca pełne metadane, link do Zotero, a także adnotacje i notatki PDF przechowywane w Zotero. Integracja Zotero może zautomatyzować pobieranie wszystkich tych informacji do nowej notatki w Obsidian. ### Przygotowanie Aby tworzyć notatki literackie, integracja z Zotero wymaga szablonu. Poniżej dołączam cały mój szablon. *(Aktualizacja 28 marca 2024 – Narzędzie do zaznaczania w Medium wydaje się zakłócać szablon. Sugeruję najpierw skopiować i wkleić do notatnika lub podobnego elementu, żeby usunąć podświetlenia średnie, a potem kopiować i wkleić do Obsidian)* ```c --- category: literaturenote tags: {% if allTags %}{{allTags}}{% endif %} citekey: {{citekey}} status: unread dateread: --- > [!Cite] > {{bibliography}} >[!Synth] >**Contribution**:: > >**Related**:: {% for relation in relations | selectattr("citekey") %} [[@{{relation.citekey}}]]{% if not loop.last %}, {% endif%} {% endfor %} > >[!md] {% for type, creators in creators | groupby("creatorType") -%} {%- for creator in creators -%} > **{{"First" if loop.first}}{{type | capitalize}}**:: {%- if creator.name %} {{creator.name}} {%- else %} {{creator.lastName}}, {{creator.firstName}} {%- endif %} {% endfor %}~ {%- endfor %} > **Title**:: {{title}} > **Year**:: {{date | format("YYYY")}} > **Citekey**:: {{citekey}} {%- if itemType %} > **itemType**:: {{itemType}}{%- endif %}{%- if itemType == "journalArticle" %} > **Journal**:: *{{publicationTitle}}* {%- endif %}{%- if volume %} > **Volume**:: {{volume}} {%- endif %}{%- if issue %} > **Issue**:: {{issue}} {%- endif %}{%- if itemType == "bookSection" %} > **Book**:: {{publicationTitle}} {%- endif %}{%- if publisher %} > **Publisher**:: {{publisher}} {%- endif %}{%- if place %} > **Location**:: {{place}} {%- endif %}{%- if pages %} > **Pages**:: {{pages}} {%- endif %}{%- if DOI %} > **DOI**:: {{DOI}} {%- endif %}{%- if ISBN %} > **ISBN**:: {{ISBN}} {%- endif %} > [!LINK] > {%- for attachment in attachments | filterby("path", "endswith", ".pdf") %} > [{{attachment.title}}](file://{{attachment.path | replace(" ", "%20")}}) {%- endfor -%}. > [!Abstract] > {%- if abstractNote %} > {{abstractNote}} > {%- endif -%}. > # Notes > {%- if markdownNotes %} >{{markdownNotes}}{%- endif -%}. # Annotations {%- macro calloutHeader(type, color) -%} {%- if type == "highlight" -%} Quote {%- endif -%} {%- if type == "text" -%} Note {%- endif -%} {%- endmacro -%} {% persist "annotations" %} {% set newAnnotations = annotations | filterby("date", "dateafter", lastImportDate) %} {% if newAnnotations.length > 0 %} ### Imported: {{importDate | format("YYYY-MM-DD h:mm a")}} {% for a in newAnnotations %} {{calloutHeader(a.type, a.color)}} > {{a.annotatedText}} {% endfor %} {% endif %} {% endpersist %} ``` *Uwaga: Nadchodzące wersje Obsidian będą zawierać sekcję "właściwości" zamiast tradycyjnego YAML. W obecnej wersji Insider, v1.4.3, szablon YAML jest automatycznie konwertowany na właściwości po utworzeniu Notatki Literatury.* Ten szablon automatycznie pobiera metadane referencji oraz wszelkie adnotacje zawarte w podlinkowanym PDF. Używam zestawu kolorów, aby przekazać różne rzeczy (np. żółty dla ciekawego punktu, czerwony dla krytyki itd.), a ten szablon wyodrębnia każdy cytat pod odpowiednim nagłówkiem koloru, a także notatki jako tekst. Gdy utworzysz szablon jako nową notatkę Obsidian, zapisz ją w sejfie, a w ustawieniach integracji z Zotero Dodaj format importu dla notatki literackiej i skieruj folder szablonu na lokalizację szablonu. Na przykład: ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*8ZL5QCM6CERgl17sQmTKtQ.png) Przykładowe ustawienia integracji Zotero do notatek literackich Ze względu na sposób, w jaki mam ustawione tytuły moich Notatek Literackich — używając "@citekey" – różnica między cytowaniem a wewnętrznym linkiem do Notatki Literackiej to po prostu kwestia nawiasów kwadratowych: - \[@Stephens\_2021\] — cytat w linii - \[\[@Stephens\_2021\]\] — Nota literacka To także umożliwia wygodne powiązania między notatkami literackimi za pomocą [funkcji "Powiązane" w Zotero](https://www.zotero.org/support/related) (*uwaga:* [*przydatny przewodnik*](https://pressbooks.library.yorku.ca/masteringzotero/chapter/working-with-related-items/) *po używaniu "Powiązanych" pozycji).* ### Tworzenie notatek literackich Gdy szablon jest gotowy, aktywuj wybór poleceń Obsidian (cmd-p na macu) i wybierz "Integracja z Zotero: Utwórz notatkę literaturową". Ustawiłem to na skrót klawiszowy, który uruchamia się od razu. ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*MO3_JBleGvNCFhMGAxhp0g.png) Zrzut ekranu palety poleceń Zotero Integration Powinno pojawić się pytanie Zotero, a ty możesz wpisać swoje źródło, dla którego tworzysz Notatkę Literacką. ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*MQ6AbPHDk27mR8a0IkT0BQ.png) Zrzut ekranu z promptu Zotero Po wybraniu Zotero Integration uruchomi i wygeneruje Notatkę Literaturę w folderze wybranym w ustawieniach wtyczki. ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*xdTUSbJTR_7AqQ2xn1lgpA.png) Zrzut ekranu z notatki literackiej Możesz wtedy edytować dokument, a jego zmiany zostaną zachowane. Jeśli następnie dodasz więcej notatek i adnotacji w odpowiednim PDF, zostaną one dodane osobno podczas ponownego uruchomienia "Integracji z Zotero: Tworzenie notatki literatury". Jeśli przeniesiesz Literature Note z folderu wyjściowego, nie zaktualizuje to pliku przeniesionego, lecz utworzy nową notatkę w oryginalnym folderze wyjściowym. Polecam więc trzymać jeden folder z wyjściem Literature Notes i nie przenosić plików. ### Indeks notatek literackich W nowej notatce Obsidian, Dataview może być użyty do stworzenia podsumowania wszystkich notatek literackich, które można wykorzystać jako indeks: ```c \`\`\`dataview TABLE title as Title, FirstAuthor as "First Author", Year as Year, itemType as Item, Citekey as Citekey, Contribution as Contribution FROM "[insert Literature Notes folder here]" \`\`\` ``` ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*ybNaMP6HJ4cZwhq5mUsiaw.png) Zrzut ekranu przykładowego indeksu notatek literackich Więcej na ten temat można znaleźć w [przeglądach literatury z wykorzystaniem Zotero i Obsidian](https://medium.com/@alexandraphelan/literature-reviews-using-zotero-obsidian-66eba1565d78). ## IV. Pisanie rękopisów Pisanie w Obsidian jest jak pisanie w każdym edytorze tekstu, ale całe formatowanie odbywa się w [znaczeniu](https://help.obsidian.md/Editing+and+formatting/Basic+formatting+syntax). ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*3UAWW35ZmDQeezpmJh2fTg.png) Zrzut ekranu przykładowego dokumentu markdown z cytowaniami ### Dodawanie cytowań Integracja Zotero może być używana do dodawania cytowań (jak pokazano powyżej). Najpierw musisz ustalić preferowane style cytowania. Upewnij się, że masz zainstalowany wybrany styl (CSL) w Zotero (Preferencje > Cytowanie > Styles). To wstawi ukończone cytowanie w preferowanym formacie. Alternatywnie – i to moja preferencja – możesz też ustawić cytowania Pandoc, które pozwalają łatwo zmieniać formaty w zależności od potrzeb (na przykład, jeśli wysyłasz do różnych czasopism). Oznacza to też, że możesz po prostu wpisać \[@citekey\], jeśli znasz klucz cytowania z głowy. ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*fXdtpONnlVzWqUEogZ1OLQ.png) Zrzut ekranu ustawień przykładów w integracji Zotero dla stylów eksportu cytowań *A* jeśli używasz Pandoc jako formatu cytowania, możesz użyć Pandoc Reference List, aby uzyskać listę źródeł do kopiowania w pasku bocznym. *A* jeśli w ustawieniach Pandoc Reference List włączysz "Show Citekey Suggestions", podczas wpisywania citekey pojawi się okno autouzupełniania: ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*DLTnf4f_6ZMKISITj-VVwA.png) Zrzut ekranu z autouzupełnianiem Pandoc Reference List Jeśli chcesz iść po starym standardzie, możesz dodawać cytowania za pomocą wiersza poleceń Obsidian, aby przejść do stylu cytowania, dla którego chcesz wstawić cytat. Możesz ustawić skróty klawiszowe, które od razu przechodzą do preferowanego stylu. ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*IdtJc0K6cVCFOMxTMyrJQA.png) Zrzut ekranu wiersza poleceń Obsidian dla integracji z Zotero Następnie możesz wybrać odpowiednie cytowanie w Zotero... ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*DnVbUU5di2ywZxPpRbTbKw.png) Zrzut ekranu wiersza poleceń Zotero a wybrany cytowanie jest wstawiane do dokumentu. ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1100/format:webp/1*sXzRP2DibCGdaDHwNriY9Q.png) Zrzut ekranu cytowania wstawionego w stylu pandoc podczas zaznaczenia. ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1100/format:webp/1*3hnCdIz5qZAYJr-yk_924w.png) Zrzut ekranu cytowania wstawionego, gdy nie jest wybrany w preferowanym stylu cytowania wybranym w ustawieniach Pandoc Reference List. ### Przejście z markdown do docx i przetwarzanie cytowań **Ustawienie pandoc do odczytu Twojej biblioteki** Zotero Po dodaniu cytowań możesz je przetwarzać za pomocą wtyczki pandoc. Pierwszym krokiem jest wyeksportowanie biblioteki Zotero jako pliku.bib, a następnie wskazanie wtyczki pandoc na ten plik. Możesz to zrobić za pomocą YAML frontmatter (i/lub Properties, w zależności od twojego buildu Obsidian): ```c --- bibliography: ~/yourpath/My library.bib --- ``` lub ustaw ją na stałe w wtyczce pandoc, dodając ją do pola Dodatkowe argumenty Pandoc: ```c --metadata bibliography=~/yourpath/My Library.bib ``` **Ustawienie pandoca do przetwarzania cytowania w preferowanym stylu** Domyślne cytowanie pandoc to Chicago (data autorstwa). Jeśli chcesz zmienić styl cytowania lub dodatkową bibliotekę Zotero, możesz ustawić CSL w metadanych/właściwościach YAML lub w ustawieniach wtyczki pandoc: ```c --- csl: ~/yourpath/style.csl --- ``` lub ustaw to na stałe w ustawieniach wtyczki Pandoc, dodając do pola Dodatkowe argumenty Pandoca: ```c --metadata csl=~/yourpath/style.csl ``` **Eksport do docx** Wystarczy otworzyć paletę poleceń i wybrać wtyczkę pandoc: eksport jako dokument Word (docx). Będzie eksportowany do tego samego folderu co plik md lub do określonego folderu eksportu udostępnionego w ustawieniach wtyczki pandoc obsidian. ![](https://miro.medium.com/v2/resize:fit:1400/format:webp/1*6wRezcjZFRwxuhX2VXdvpg.png) Zrzut ekranu wiersza poleceń Obsidian dla wtyczki pandoc Alternatywnie, jeśli masz Maca, możesz użyć Terminala do wszystkich powyższych czynności. ```c pandoc "path/to/input.md" -o "path/to/output.docx" --citeproc --bibliography "path/to/library.bib" --csl "path/to/citation_style.csl" ``` Instrukcje montażu [tutaj](https://pandoc.org/installing.html). ## Przyszłość W obecnych wersjach Obsidian, Zotero i wtyczek działa to niesamowicie płynnie. Im więcej piszesz, tym bardziej staje się to drugą naturą. Ponadto Obsidian umożliwia szeroki wybór opcji śledzenia pisania (takich jak tablice kanban czy podsumowania dataview) oraz łączenie twojego myślenia. To stroma krzywa nauki, jeśli masz ograniczone doświadczenie lub komfort programowania, ale jest to dość przyjazne dla użytkownika podejście do opracowania pełnego akademickiego workflow badawczego i cytowania. Mam nadzieję, że ta aktualizacja z sierpnia 2023 będzie przydatna, a jak ostatnio, **ogromne podziękowania** dla Discorda Obsidian, zwłaszcza [dla Mathew Meyersa](https://github.com/mgmeyers) i [Chrisa Griesera](https://github.com/chrisgrieser).